目次
本作はロゼ編・ウルリカ編・エクストラシナリオの3つのシナリオで構成されており、
ロゼ編かウルリカ編（1周目）
↓
（クリアデータをロード）
↓
1周目で選ばなかった主人公の物語（2周目）
↓
（クリアデータをロード）
↓
エクストラシナリオ
といった流れで進めて行くことになります。
なお、2周目以降は前の周のデータを引き継いで遊ぶことが可能です。
詳細はゲームクリア後の引き継ぎ・追加要素を見て下さい。
ロゼ編とウルリカ編はストーリー・仲間キャラ・宝箱の中身など異なる点もありますが、どちらもゲームの流れは
1学期前半（第一章）
↓
1学期後半（第二章）
↓
夏休み（第三章）
↓
2学期前半（第四章）
↓
2学期後半（第五章）
↓
冬休み（第六章）
↓
3学期前半（第七章）
↓
3学期後半（第八章）
↓
期末試験その後（第九章）
↓
エンディング
となっています。
戦闘や調合のシステムも同じなので、主人公はどちらを選んでもいいような気がしますが、主人公の選択順による小さなメリットデメリットが存在します。
気になる方は「主人公はどちらを選べばいい？」の項目を見て下さい。
なお、エクストラシナリオはロゼ編とウルリカ編で発生した問題の元凶を倒すだけのもので、章での区切りはありません。
1～3学期は
課題履修
↓
自由時間
↓
イベント
という流れでゲームが進行します。
自由時間ではアルバイトをしたり、バザーを開いたり、キャラストーリーを進めることが可能です。
特に重要なのがキャラストーリーで、これは称号獲得・アイテム入手・エンディング分岐に関係しています。
詳細はキャラストーリー攻略ページを見て下さい。
自由時間は最大で4週あり、課題履修での成績によって変動します。
悪い成績を取り続けていると補習となり、自由時間を1週しか取れなくなってしまいます。
そうするとキャラストーリーを最後まで進められなくなる可能性が出てくるので注意して下さい。
ただし、自由時間期間の短縮と引き換えに補習を受けることにも多少のメリットがあるので、気になる方は「成績がゲーム進行に与える影響」を見て下さい。
（1～2周目は優秀な成績を取り続けることをオススメします）
なお、夏休みと冬休みは成績に関わらず「自由時間4週→イベント」という流れになります。
主人公は「ロゼ」から選ぶことをオススメします。
理由は、ウルリカ編の仲間「クロエ」のスキルです。
クロエは、敵の情報を解析するスキルと解析数が多いほど威力が上昇するスキルを習得します。
2周目から追加されるアルバイトで新たな敵と戦えるので、2周目をウルリカ編して解析数を増やせば、クロエのスキルの威力を上げることが可能です。
どうしてもウルリカ編から始めたいという方以外はロゼ編からプレイしましょう。
「ゲームの流れについて」の項目で書きましたが、成績は
に影響を与えます。
優秀な成績を取って自由時間を最大限（4週）確保できれば、仲間全員のキャラストーリーを最後まで進めることが可能となります。
（ついでにバザーを開く余裕もできます）
仲間全員のキャラストーリーを最後まで進めることは、以下の事を達成するのに必須となります。
しかし、優秀な成績を取ることは後述する補習を受けられなくなるというデメリットもあります。
逆に悪い成績を取り続けていると、自由時間が1週分しか確保できず、キャラストーリーを進めることが困難になります。
当然、先述したキャラストーリーを最後まで進めることのメリットを得られなくなります。
しかし、補習を受けることでしか戦えないモンスターがいる為、全てのモンスターを図鑑に登録したい方は悪い成績を取り続ける必要があります。
（そのモンスターは4回目の補習で戦えるので、2学期以降は悪い成績を取る必要があります）
このように良い成績と悪い成績の両方にメリットとデメリットがあります。
どちらを取るのか悩ましい所ですが、全ての要素をコンプリートしたい方はエクストラシナリオクリアまで（1～2周目）は良い成績を、その後の周回プレイで悪い成績を取り続けるといいでしょう。
アイテム収集率などのコンプリート要素に興味のない方は良い成績を取り続ければOKです。