4年目の4月1日になると強制的にエンディングとなります。
エンディングは全部で11種類あり、ゲーム終了時の状況によって発生するエンディングが変化します。
目標「ニオを取り戻しに！」を達成していない（ニオを救出していない）場合、バッドエンドとなり、トロフィー「旅の終わり」を獲得。
目標「ニオを取り戻しに！」を達成している（ニオを救出している）場合、以下の10種類のエンディングが発生するようになります。
| エンディング名 | エンディング発生条件 |
|---|---|
| ノーマルエンド | ノーマルエンド以外のエンディング発生条件を満たしていない |
| ウィルベルエンド | 目標「ベルちゃんのお手伝い」を達成 |
| レジナエンド | 目標「レジナさんのお手伝い」を達成 |
| リンカエンド | 目標「リンカさんのお手伝い」を達成 |
| ユーリスエンド | 目標「ユーリスさんのお手伝い」を達成 |
| キースエンド （トゥルーエンド） |
目標「人類の悪意」を達成 イグドラシル戦でキースグリフをパーティーに入れている |
| 働くおねえさんエンド | マリオンイベント「働くおねえさん」を発生させる |
| 女子会エンド | アーシャイベント「女子会」を発生させる |
| 秘宝ハンターエンド | ハリーイベント「グランドチャンピオン」を発生させる |
| 賢者の庵エンド | アーシャイベント「すっかり有名人」を発生させる |
ノーマルエンドになるとトロフィー「旅の終わり」を獲得できます。
このトロフィーはバッドエンドかノーマルエンドでしか獲得できないので、ニオ救出前後のデータを残しておくと良いでしょう。
ノーマル以外の複数のエンディングの発生条件を満たしている場合は下記の選択肢が発生し、選択肢の選び方で発生するエンディングが変化します。
| 番号 | 選択肢 | 選択結果 |
|---|---|---|
| 1 | アーニーからのお仕事が… | 番号2の選択肢へ |
| 配達のお仕事が… | 番号3の選択肢へ | |
| ハリーからの手紙が… | 番号4の選択肢へ | |
| …特になかったかも | 賢者の庵エンド スチル「賢者の庵」を獲得 トロフィー「賢者の庵」を獲得 |
|
| …大事な事忘れてた | キースエンド（トゥルーエンド） スチル「キースEND（真）」「キースEND（差分）」を獲得 トロフィー「真実の探求」を獲得 |
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| 2 | 特に予定ない | 働くおねえさんエンド スチル「働くおねえさん」を獲得 トロフィー「働くおねえさん」を獲得 |
| ウィルベルと約束がある | ウィルベルエンド スチル「ウィルベルEND」を獲得 トロフィー「魔法使いと錬金術士」を獲得 |
|
| レジナと約束がある | レジナエンド スチル「レジナEND」を獲得 トロフィー「女性発掘屋の未来」を獲得 |
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| リンカと約束がある | リンカエンド スチル「リンカEND」を獲得 トロフィー「そして三人で」を獲得 |
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| ユーリスと約束がある | ユーリスエンド スチル「ユーリスEND」を獲得 トロフィー「ハンターライフ」を獲得 |
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| 3 | 特に予定ない | 女子会エンド スチル「女子会」を獲得 トロフィー「女子会！」を獲得 |
| ウィルベルと約束がある | ウィルベルエンド スチル「ウィルベルEND」を獲得 トロフィー「魔法使いと錬金術士」を獲得 |
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| レジナと約束がある | レジナエンド スチル「レジナEND」を獲得 トロフィー「女性発掘屋の未来」を獲得 |
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| リンカと約束がある | リンカエンド スチル「リンカEND」を獲得 トロフィー「そして三人で」を獲得 |
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| ユーリスと約束がある | ユーリスエンド スチル「ユーリスEND」を獲得 トロフィー「ハンターライフ」を獲得 |
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| 4 | 特に予定ない | 秘宝ハンターエンド スチル「秘宝ハンター」を獲得 トロフィー「秘宝ハンター」を獲得 |
| ウィルベルと約束がある | ウィルベルエンド スチル「ウィルベルEND」を獲得 トロフィー「魔法使いと錬金術士」を獲得 |
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| レジナと約束がある | レジナエンド スチル「レジナEND」を獲得 トロフィー「女性発掘屋の未来」を獲得 |
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| リンカと約束がある | リンカエンド スチル「リンカEND」を獲得 トロフィー「そして三人で」を獲得 |
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| ユーリスと約束がある | ユーリスエンド スチル「ユーリスEND」を獲得 トロフィー「ハンターライフ」を獲得 |